Mit Beginn des Jahres 1992 wurde die Gesamtausgabe der Werke von Felix Mendelssohn Bartholdy als Projekt der Sächsischen Akademie der Wissenschaften zu Leipzig übernommen. Sie wird vom Ausschuss für musikwissenschaftliche Editionen bei der Union der deutschen Akademien der Wissenschaften koordiniert.

Im Jahre 1959 ins Leben gerufen und anfänglich von der Internationalen Felix-Mendelssohn-Gesellschaft, Basel, in Zusammenarbeit mit der Deutschen Staatsbibliothek zu Berlin und dem Deutschen Verlag für Musik, Leipzig, herausgegeben, widmete sich die Ausgabe zunächst den unveröffentlichten Jugendwerken des Komponisten.

Im Zuge der Neuprofilierung zu einer nach modernen Gesichtspunkten konzipierten historisch-kritischen Gesamtausgabe werden nicht nur die Kompositionen, sondern auch die Korrespondenz und andere schriftliche Äußerungen sowie die bildkünstlerischen Arbeiten des Komponisten (Zeichnungen und Aquarelle) einbezogen. Geplant sind ca. 80 Notenbände mit eingebundenen kritischen Berichten, ca. 75 Bände Briefe, Schriften und Tagebücher, eine noch unbestimmte Anzahl Dokumentenbände sowie ein thematisch-systematisches Werkverzeichnis. Die Bände erscheinen seit 1997.

Die Ausgabe wurde bereits dreimal mit dem renommierten Deutschen Musikeditionspreis BEST EDITION ausgezeichnet: 2006 für die dreibändige Edition sämtlicher Orgelwerke, 2010 für das Mendelssohn-Werkverzeichnis und 2023 für die fünfbändige Edition des Oratoriums "Elias".